Mineralogická expozícia Klenoty Zeme prezentuje prostredníctvom 1100 vzoriek asi 700 druhov minerálov zo slovenských aj zahraničných lokalít.
Exponáty sú usporiadané v zmysle kryštalografickej klasifikácie H. Strunza. Dominantami sú reprezentačné vzorky charakteristických minerálnych asociácií niektorých rudných rajónov Slovenska a veľkorozmerné vzorky minerálov. Zo slovenských lokalít sú pozoruhodné vzorky kermezitu z Pezinka, drúzy ihličkovitého antimonitu a vzorky zlata z Kremnice, strieborné minerály z Banskej Štiavnice a tiež opály z východného Slovenska.
Zo zahraničných lokalít sú zaujímavé vzorky hessitu z Rumunska, kryštály azuritu z Namíbie, fluority, beryly, turmalíny, rubíny z Tanzánie, brazílske acháty a mnohé iné. Systematickú zbierku minerálov je dopĺňajú ukážkyi brúsených a ozdobných kameňov z viacerých významných nálezísk zo Slovenska, Austrálie, Mexika či Ruska.
Historické banské mapy pripomínajú atmosféru banských miest s ich bohatou históriou. Banská Štiavnica, Kremnica, Banská Bystrica a viaceré lokality Spišsko-gemerského Rudohoria boli významnými ložiskami drahokovových, polymetalických rúd a iných úžitkových nerastov.