Stála expozícia Židovského komunitného múzea sa nachádza v nevyužívanej časti synagógy v priestore bývalej ženskej galérie a priľahlého schodiska.
Zbierka judaík Židovskej náboženskej obce v Bratislave pozostáva z viac ako 1 200 zbierkových predmetov. Po zbierke Židovskej náboženskej obce v Prešove a Múzea židovskej kultúry v Bratislave je treťou najväčšou zbierkou na Slovensku. Jej základom sa stal výsledok zberateľskej aktivity architekta Eugena Bárkánya (1885 – 1967), ktorý sa už v čase pred druhou svetovou vojnou venoval ochrane židovského kultúrneho dedičstva. V roku 1928 založil v Prešove prvé slovenské židovské múzeum, ktoré pod jeho vedením fungovalo do roku 1939.
Eugen Bárkány sa dlhé roky pokúšal nájsť pre svoju rozrastajúcu sa zbierku vhodné útočisko. Mal v pláne otvoriť Slovenské židovské múzeum v bratislavskej neologickej synagóge na Rybnom námestí. V roku 1969 však boli jeho plány zmarené. Synagóga bola kvôli výstavbe Nového mosta asanovaná. Bárkányova druhá zbierka bola dlhé desaťročia deponovaná v Slovenskom národnom múzeu, kým sa v roku 2002 nevrátila bratislavskej židovskej náboženskej obci.