Kaplnka patrí medzi najvýznamnejšie diela gotickej architektúry na Slovensku a predstavuje sakrálny objekt, ktorý možno považovať za vrchol vývinu gotickej architektúry na Slovensku.
Pri severnom múre kostola stojí kaplnka Sv. Jána evanjelistu. (Na jej mieste stála staršia kaplnka spomínaná v roku 1296.) Vybudovali ju v druhej polovici 14.stor. na mieste staršieho sakrálneho objektu. Ide o dvojpodlažnú pohrebnú kaplnku (s kryptou v suteréne), ktorú začal stavať bratislavský mešťan Ján, syn Jakubov a v roku 1361 ju ešte nedostavanú prepustil svojmu synovcovi richtárovi Jakubovi II. Tento ju v nasledujúcich rokoch alebo desaťročiach dostaval.
Kaplnka bola pohrebnou kaplnkou richtárskej rodiny Jakubovcov. V suterénnej časti je krypta s erbom rodiny Jakubovcov. Architektúra kaplnky dosiahla vrchol gotického skeletového systému maximálnym prevýšením a odhmotnením stavby a to vo forme závesných svorníkov a presekávaných profilov (horizontálne podokenné rímsy presekávajú vertikálne profily).
Kaplnku zreštaurovali v roku 1831. Vtedy do nej umiestnili klasicistický stĺpový oltár Sv. Jána evanjelistu s obrazom, ktorý namaľoval miestny maliar Ferdinand Lüttendorf podľa Domenicchinovej predlohy. Oltár je dnes v predsieni kaplnky. Kaplnku dostavali podľa vzoru Sainte Chapelle, pohrebnej kaplnky francúzkych kráľov.
zdroj : http://www.frantiskani.sk