Múzeum colníctva je umiestnené v jednom z dvoch mýtnych domčekov, ktoré boli postavené spolu so starým mostom v roku 1890.
Pôvodná funkcia mýtnych domčekov bola vyberať poplatky za použitie mosta, na petržalskej strane bola aj skrinka prvej pomoci. V rokoch 1919 – 1920 a 1939 – 1945 tu bola colnica a až do roku 1944 tu bola vyberaná potravná daň na čiare (tzv. akcíz).
V múzeu môže vidieť návštevník ukážku pracovne z tridsiatych rokov minulého storočia, vývoj histórie výberu mýta, cla a daní od najstarších čias na našom území až po súčasnosť.
Jednotlivé historické obdobia sú spestrené pracovnými nástrojmi, zákonmi a uniformami colníkov.
V závere expozície sa nachádza pietne miesto padlých príslušníkov Finančnej stráže na území Slovenska a Podkarpatskej Rusi v rokoch 1918 až 1948, spolu s ukážkou ich výstroja a výzbroje.
K zaujímavým exponátom patria aj rôzne predmety zadržané colníkmi v súčasnosti (pašovaný tovar, nelegálny dovoz, falzifikáty známych značiek).